部分人物在动画中的登场时间也有所改变，如少年侦探团的成员们在动画第1集便登场，铃木园子的登场时间也被提早。但也造成了矛盾：第1集中光彦等人见过新一，到了第192集中却说不认识新一。
动画前期的每集标题几乎都是以“××事件”的形式出现，第140集左右开始便很少再使用这种标题。
动画最初期因为“低龄化”的定位，制作组在动画中将黑社会性质的黑衣组织进行了屏蔽，修改了第5集《新干线大爆炸事件》和第13集《奇怪的寻亲杀人事件》中相关情节，但却造成后面的情节无法自圆其说：漫画“新干线事件”中里出现了琴酒和伏特加，柯南通过窃听得知二人的代号，但动画第5集中改成了与组织毫不相干的两人——因此“得知二人代号”变为第52集《雾天狗传说杀人事件》片头柯南在独白中提及自己已经得知两人的代号，但是具体通过何种途径则不得而知。漫画“寻亲事件”中化名为“广田雅美”的宫野明美最后被琴酒和伏特加揭穿身份，并被二人暗杀，动画第13集中暗杀者改成了冲田，“广田雅美”的结局也变为被警方逮捕——由于与灰原哀登场有关的明美之死的剧情与后文无法衔接，于是动画制作组就在灰原哀登场篇之前制作了第128集《黑衣组织10亿元抢劫事件》，在此集中补完了明美之死的剧情，但仍然造成了剧情漏洞，即“在动画中宫野明美登场两次并抢了两次银行”；并且由于明美之死在动画中被改编，所以漫画中相关的灰原登场的情节也被延后（明美在漫画第2卷登场，灰原则在漫画第18卷才登场），作者青山刚昌便创作出了服部平次这一角色，来替代无法登场的灰原作为柯南的对手。考虑到剧情关联性的因素，动画中后期关于黑衣组织的情节也不再避讳。
