动画第86集《诱拐现场特定事件》、113集《白色海滩杀人事件》改编自《名侦探柯南》漫画特别篇，并非改编自漫画原作。
动画第219集《被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德》的第一个故事“钟楼对决”改编自《魔术快斗》漫画第4卷“漆黑之星”篇，并非改编自《名侦探柯南》漫画，这是《柯南》动画正集中唯一一篇改编自其他漫画作品的故事。此举导致动画中正面描写了黑羽快斗（第二代怪盗基德真实身份）等人的日常生活，实际上《柯南》漫画中从未正面描写第二代怪盗基德真实身份就是黑羽快斗，只点明第一代怪盗基德是黑羽盗一。
漫画Vol.57 File.8《逃亡者》未改编为正式TV版情节，仅和OP 23中的故事相似，后改编为M 18公映纪念特辑《逃亡者 毛利小五郎》（NOTTV手机电视台播出）和2015新年特辑《谨贺新年·毛利小五郎》。
因为涉及版权问题，漫画“口哨男连续杀人案”中犯人所吹的披头士乐队《Let it be》的名字，在动画533~535集台词中被完全隐去。类似地还有“奥斯卡奖”改为“粤斯卡奖”，iPhone的商标被改动。
动画第585集中，出现了“二学期”字样，表示柯南已经升入一年级第二学期（注意不是二年级，而且日本的学校一年有三个学期）。漫画中至今未出现过类似情节和叙述。
考虑到观看动画的主体是未成年人，动画中死者的血液均改为黑色而非红色。在中后期部分动画中，将死者的眼睛由原作中的睁着改为闭着，不会对死者面部进行特写，之前还有尖叫警告，“尸体”一词也改用比较中性的“遗体”一词来代替。（前期部分集数已出现此现象，但后期更普遍。同时期《
